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| 研究生發(fā)現(xiàn)更全面染色體測序方法 |
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| 點擊次數(shù)：971 更新時間：2011-12-20 |
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研究生發(fā)現(xiàn)更全面染色體測序方法
來自韓國延世大學（Yonsei University） ，南加州大學USC生命科學學院分子與生物信息學課題組的生物學家發(fā)展了一種能對一個生物體全部染色體進行測序的新方法，這一研究方法發(fā)表在Genome Research雜志上。
統(tǒng)計學方法的作用是巨大的，因為當研究人員宣布他們完成了一種生物體基因組的測序的時候，實際上意味著他們已經獲得了兩條染色體的測序融合的結果，但是USC生物信息學家Lei Li表示，“這并不代表事實。”
在這篇文章中，Li和USC另外一位教授：Michael Waterman指導了他們的研究生Jong Hyun Kim（文章的*作者和通訊作者）從已經公布的測序數(shù)據(jù)中，獲得了一種海洋無脊椎動物：Ciona intestinalis的染色體全部序列。
Kim的這種方法利用了生物體中的高基因突變率，其它的也同樣具有高基因可變性的生物，比如魚類，都可以適用于這種方法。但是由于人類基因組相對而言突變率低，因此這種方法并不適合。
但是Kim表示，這種方法也許可以用于人類基因組中那些高可變性的區(qū)域的測序。同時研究人員也發(fā)現(xiàn)了更多數(shù)據(jù)證明所謂的垃圾DNA也許是具有某種功能的。
近期的研究表明垃圾DNA表達的蛋白可以調控基因功能，而且垃圾DNA在進化過程中是高度保守的，這也說明了它們的重要意義——這篇Genome Research的研究確認了許多垃圾DNA的短片段是保守的。
那么這一種測序方法到底是什么呢？其關鍵核心步驟就是一個Gibbs sampling程序（吉布斯取樣法），這是一個probabilistic inference常用的方法，主要適用于不*信息的拷貝等。利用這種方法，研究人員估計Ciona intestinalis的多態(tài)性率是1.2%和1.5%（兩種不同的多態(tài)性計算方法）。
過這些重構分析，研究人員獲得了度為97%的單體型估測，從而構建了一種比較分析學的方法，可以用于研究脊索動物保守DNA元件模式。
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